敦促开导说“:为国尽忠和为母尽孝无法同时做到,现在太子等待人去教导约束,您勉强复职吧,替我完成辅导他的任务。”于志宁这才复职。
太子在农忙季节建造深邃的密室,一连几个月不停工,还过度地爱好歌舞。
于志宁劝谏,认为:“现在的东宫是隋朝建造的,那时人们就说它奢侈豪华,哪能容许在这些东西上再进行雕凿装饰?服役的工匠和没收进官府的奴隶都是违犯法律禁令逃亡在外的人,他们带着钳子凿子锤子木棒,来往进出,监门、宿卫、直长、千牛等警卫人员不能盘问。武士在宫外,奴隶在宫内,怎不令人担心呢?另外,东宫里头多次响起鼓声,乐官乐工动不动就留在宫里不让出去,前几年皇上的口谕告诫,殿下能不想想吗?”太子不听。他身边的侍从多数由宦官充任,于志宁又劝谏说“:宦官,身心都不健全,善于使用温顺阿谀逢迎,靠着受宠作威作福,凭借上传下达制造祸患。所以春秋时宋国的太子痤被伊戾陷害致死,齐桓公的宠臣易牙等人立无亏为太子,使齐国大乱,赵高杀死了秦始皇的长子扶苏,秦二世胡亥使秦朝灭亡,灵帝时的宦官张让使东汉分崩离析。近代的北齐任命邓长。。为侍中,陈德信为开府仪同三司,在内参与皇家家宴,在外干预朝廷政务,北齐终究被颠覆。现在殿下周围任用的全是宦官,轻慢高级官员,欺压显贵朝臣,任官品级混乱,法度秩序废弛,连毫不相干的人都觉得奇怪。”太子更加不高兴。东宫的车夫侍从依照惯例应该轮流休假,但太子不遵照执行,还私下引进突厥人,和他们互相亲近纠缠。于志宁控制不住自己的情绪,呈递谏疏极力陈词说“:我见仆从车夫,直到兽医,从春季到夏季,不能轮流休息。有的人父母健在,没人伺候,有的人儿女幼小,没人抚养,大概不是宽厚仁爱的心肠。另外,突厥的达哥支等人,人面兽心,不能对礼仪教化做指望,不能用仁爱真诚来对待。亲近他们,对美名没有益处,对大德会有损害。何况把他们引进妇女居住的内室,让他们经常亲密接近,别人都震惊害怕,而殿下对这些都心安理得吗?”太子大为恼怒,派张师政、纥干承基去刺杀他。这两个人潜进他的住宅,看到于志宁疲倦地枕着土块睡在草垫上,不忍心刺杀,就离开了。李承乾的太子身份被废除,太宗了解实际情况,说道:“听说您多次劝谏,承乾不听您的,所以到了这个地步。”
这时东宫属吏都获罪免官,惟独于志宁因辛苦努力而得到宽待。
晋王李治立为皇太子,又任命于志宁为太子左庶子,升任侍中,授予光禄大夫,提高封号为燕国公,主持编撰本朝历史。高宗永徽二年(651),洛阳人李弘泰诬告太尉长孙无忌谋反,诏令可以即时斩首。于志宁认为“:正值春天是少阳象数当令,不适宜执行死刑,再说诽谤言论不是十恶不赦的大罪,请按法律等到秋分以后再判决。”高宗同意。衡山公主在因公除去为太宗皇帝服丧的丧服后,准备嫁给长孙家。于志宁认为“:《周礼》规定,女子十五岁举行成年簪礼,二十岁出嫁,发生变故,二十三岁出嫁,这就可知遇上服丧必须服满三年时间。《春秋》记载,鲁庄公派人到齐国送聘礼,为母亲服丧不满两年就要求结婚,鲁、齐两国不谴责,是因为不合礼仪太明显了。眼下舆论说是‘因公除去丧服就可穿上吉服’,这是西汉文帝创立的规矩,只是替天下百姓着想而已。衡山公主是服重丧,丧服可以按照先例去掉,孝心不能按照先例改变。心中悼念太宗时结婚,不是人们的情感能容忍的。”高宗于是诏令衡山公主等服丧期满以后再结婚。授予于志宁尚书左仆射官职、同中书门下三品头衔。不久,兼任太子少师。永徽四年(653),有十八颗陨石坠落到同州,高宗询问说“:这是什么征兆?我要以悔改以前的过失、修养以后的德行来警戒自己,怎么样?”于志宁回答“:《春秋》记载‘:有五颗陨石坠落在宋国。’姓过的内史说:‘这是自然现象,不是产生吉凶的根源。’事物本来有自身的规律,和人事没有一点关系。虽是这样,陛下在没有灾害的情况下也警戒自己,对造福是没有妨害的。”很快升任太傅。曾和右仆射张行成、中书令高季辅一起得到高宗赏赐的土地,于志宁禀奏:“我家从北周、北魏以来世代居住在关中,家产没有失去。张行成、高季辅如今才开始经营田产,希望把赐给我的土地赐给不足的人。”高宗赞赏他的美德,把赐给他的土地分赐给了张行成、高季辅。
显庆四年(659),因为年老请求退休,诏令免去尚书左仆射职务,改授太子太师官职,保留同中书门下三品头衔。