逃回魏州。李抱真和马燧包围了魏州,又在城外打败了田悦,他因功又升任检校右仆射。当时田悦危在旦夕,朱滔、王武俊都反叛了,联合军队援救田悦,李抱真和马燧等退驻魏县。皇帝因变乱逃到奉天,皇帝慰问和报告消息的使者来到军营,众将都对天痛哭。李怀光率全军赶去勤王,马燧、李秡各自率军回到辖区。朱氵此占领了京城,同时李希烈攻占了大梁,李纳也在郓州反叛。不久,皇帝逃到梁州,李怀光又占据了河中。李抱真独自在纷忧动乱之中,率河北三州对外抵抗众多叛将,对内整顿军队,叛贼们都很害怕他。
兴元初年,他升任检校左仆射、同中书门下平章事,当时朱滔率幽、蓟州全部军队,又向回纥借了兵,共纠集五万军队,向南进攻来和朱氵此呼应。包围进攻贝州。当初,叛将们依附李希烈,李希烈称帝后,有要叛将们称臣的意图,叛将们逐渐分裂了。皇帝在奉天颁布归罪自己的诏书,赦免了众叛将,李抱真就派门客贾林用礼义劝说王武俊,联合对付朱滔,王武俊答应了。当时双方军队还互不信任,李抱真就带几名骑兵到王武俊军营里去。他去之前,门客都劝阻他,李抱真派军司马卢玄卿掌管军队并吩咐说:“我今天的举动,关系到国家的安危。我如果死了不能回来,管理军队听从皇帝的命令,也靠你;指挥军队,到东边为我报仇,也靠你。”说完就走了。王武俊戒备森严,李抱真对他说:“朱氵此、李希烈僭越称帝,朱滔围攻贝州,他们都想骑在我们头上。您既然不能和他们争雄,难道愿抛弃真命天子去臣属叛贼吗?何况皇帝在奉天下诏归罪自己,真是夏禹、商汤式的好天子啊。”说到皇帝外出避难,他抱着王武俊哭了起来,泪水直流,王武俊也哭了,周围的人也被感动了。晚上他就睡在王武俊营帐里,睡了很长时间。王武俊因他不疑心自己很受感动;对他更恭敬了,指着心对天说:“我这条命已答应您誓死杀敌了。”两人结为兄弟后才分手,约定明天会战,于是在经城打败了朱滔,他因功加封为检校司空、食实封五百户。贞元初年,他到京城来朝拜,住了不久,又回到了辖区。
李抱真沉着果断多计谋,曾想招纳全国贤才,听说谁有长处,一定命人带着礼品哪怕千里之外也要把他请来;请来后和他谈话,如没有可取之处,才逐渐疏远他。当时国内没有战事,他就大规模建楼台,挖池塘来消遣。晚年又相信道士,想长生不死。有位叫孙季长的道士,给李抱真炼金丹,欺骗李抱真说:“服了可以成仙。”李抱真就任命他为幕僚。李抱真多次对部将说:“这金丹秦始皇、汉武帝都没得到,只有我碰到了,今后我要去朝拜上清,不能再和诸位在一起了。”他又梦见自己骑鹤升天,醒来后就命人雕刻一只木鹤,自己穿上道士衣裳练习骑坐木鹤。他共服了两万粒金丹,肚子发硬吃不下东西,快死了,不省人事有好几天。道士牛洞玄用猪油谷漆泻肚子,几乎把金丹都泻光了。病略好了一点,孙季长又说:“差点成仙了,为什么放弃呢!”他又加服了三千粒金丹,一会儿就去世了。此前,李抱真长期生病,相信吉凶征兆,有人叫他冲冲邪气,又被巫婆神汉们迷惑,叫他请求降低官职爵位来驱除邪祟。这年间,他共七次上奏章辞去了司空,又任检校左仆射。他贞元十年(794)去世,当时六十二岁,皇帝停止上朝三天致哀,赠官为太保,赠给的绸布粮食等助丧礼物数量不等。