皇魏君临天下,总驭宇宙,改革国家制度,垂范于广大地域。自北往南,共同选地建都于洛阳;定鼎迁民,协调气候于寒暑。高祖在此开创基业,世宗在此扩大建设。功业完成应制作音乐,政治安定应制定礼法,于是查寻古代的文献,修整荒废的典章,建明堂,立学校,兴立一代美好的规矩,标榜千载英明的法度。永平年间,开始修建,基址初创,迄今尚未完工。已故尚书令、任城王元澄按照已故司空李冲所设计的明堂图样,连同表章诏书、两京模式,上奏皇帝请求营建。只待旨意下达,立即进行修建。侍中、领军元叉总领匠作之官,宣明皇上诏令。从此之后,才予以配给兵士,有时给一千人,有时给数百人,增减节缩,一直没有定准,要期望早日完工,道理上实难做到。倘若派人专营此事,不断进行营造,责成其认真办理,或许能有成功之日。但所给的役夫,本来就很少,各处工程竞相借调,动辄以千人计。虽有修建营作之名,终无成就完工之实。明亮的屋宇被荒废,停滞多年,高峻的屋架刚搭起,成就之日尚无征兆。仍旧使国子学生肆业之礼,掩仰而不进;对老年贤者敬以酒食之仪,寂寥而不返。构厦废止于尺土,为山功亏于一匮,实在是可惜啊!愚以为征召百姓经营,必有‘庶民子来’之歌;兴造之事加紧,将致‘不日成之’之美。况且兵士本来不多,兼之被其他劳役牵制,废弃此处而给与他处,循环往来没有止境。这就是所谓停止创造礼仪之重,而资助不急之费,废弃经国之功,而供给寺馆之役吧,要想求得长远之图,不也是一种过失吗?如今各地大建寺庙,粗略地举出一些,都可以撤除或减少,专门经营此事,严格勒令工匠,务使早日完成。使得祖宗有祭祀配天之期,苍生能睹礼教音乐之富。”书表奏上朝廷,皇帝听从了他的意见。朝廷授任源子恭为冠军将军、中散大夫,又兼治书侍御史。
秦、益二州的氐人反叛,皇帝令源子恭持节为都督,作为河间王元琛的军司率兵征讨氐人。事平之后,源子恭仍代管南秦州政事。及至六镇反叛,朝廷以源子恭兼任给事黄门郎,持节前往慰劳讨敌的将士。不久回到京城,被任命为河内太守,加授后将军,率部平定绛蜀的叛军。丹谷、清廉两处道路险阻不通,朝廷以源子恭为当郡别将。不久建兴蜀又反叛,同绛蜀相互呼应,朝廷进授源子恭为持节、散骑常侍、假平北将军、征建兴都督,仍兼尚书行台,与正平都督长孙稚合兵进讨,大破敌军。正平的贼帅范明远与贼帅刘牙奴都自缚请求投降。事件平定之后,源子恭被授任为平南将军、豫州刺史,不久加授散骑常侍、抚国将军。
武泰初年(528),郢州刺史元愿达以其州城投降萧衍,皇帝征召都督尉庆宾回到京师,将其部众隶属源子恭前往征讨。萧衍部将夏侯夔率众数万前来侵犯,远近之地不得安宁。夏侯夔乘势分兵,进逼新蔡,自己领兵攻打毛城。源子恭随机接应援助,两路敌军都溃败逃走。萧衍的豫州刺史夏侯。。又派遣四员将领,率领部众三万人,前来围攻南顿,向北攻打陈项。源子恭派军抵抗,敌军再次奔逃退走。朝廷授任他为镇南将军,又兼任尚书行台。源子恭率领部众渡过淮河,把南岸百姓迁徙到淮河之北,建立郡县,设置戍所,然后回到朝廷。萧衍的直。。将军、军主胡智达等八员将领,与其监军阎次洪入寇,屯军于州城东北四十余里的地方。源子恭率军将其击败,斩了胡智达,生擒阎次洪。
元颢进入洛阳的时候,授任源子恭为车骑将军,源子恭不敢拒绝,但不断派遣密使了解庄帝的动静。不久,元颢失败,皇帝回到洛阳,进升源子恭为征南将军、兼右仆射,假车骑将军,后加授散骑常侍。
板桥的蛮人文石活、石忌粗接受了萧衍的印节,煽动诱惑党类,凭据险要之地前来侵犯劫掠。源子恭亲自率领将士,径直袭击他们的山寨栅栏,几天之内,歼灭杀戮殆尽。各地的蛮人降服,都来请求缴纳税粮。朝廷将源子恭召回京师授任为右光禄大夫、给事黄门侍郎,仍为本将军。朝廷记载他前后征讨的功勋,封赐他为临颍县开国侯,食邑六百户,加授散骑常侍。不久迁任侍中。