他们。九月戊寅,桓温裨将邓遐、朱序在林渚遭遇慕容暐的将领傅末波,又大败他们。戊子日,桓温到达枋头。丙申日,因为粮草运输接不上,焚烧了舟船后返回。辛丑日,慕容垂在襄邑追上并击败了桓温的后军。冬十月,有彗星向西飞落,有雷鸣般的声音。己巳日,桓温招招集散兵,屯兵在山阳。豫州刺史袁真率寿阳反叛。十一月辛丑日,桓温从山阳到涂中和会稽王司马昱会晤,准备谋划日后的行动。十二月,在广陵建城居住。
五年春正月己亥,袁真的儿子袁双之、袁爱之害死梁国内史朱宪、汝南内史朱斌。二月癸酉,袁袁真死,陈郡太守朱辅立袁真的儿子袁瑾继嗣,向慕容暐求救。夏四月辛未,桓温部将竺瑶在武丘打败袁瑾。秋七月癸酉初一,日食。八月癸丑,桓温在寿阳击败袁瑾。九月,苻坚的将领王猛攻打慕容暐,攻陷上党。广汉妖贼李弘和益州妖贼李金根聚集人马造**,李弘自称为圣王,有一万多人,梓潼太守周虓讨伐平定了他们。冬十月,王猛大破在潞川大败慕容暐的将领慕容评于潞川。十一月,王猛攻克邺,俘获了慕容暐,全部占有了他的领地。
六年春正月,苻坚派将领王鉴救援袁瑾,将军桓伊迎击,大败王鉴。丁亥日,桓温攻克寿阳,斩袁瑾。三月壬辰,监益宁二州诸军事、冠军将军、益州刺史、建城公周楚去世。夏四月戊午,大赦,赐贫苦和老年无子的人粮食,每人五斛。苻坚的将领苻雅攻打仇池,仇池公杨纂投降。六月,京都和丹阳、晋陵、吴郡、吴兴、临海都大水。秋八月,任命前宁州刺史周仕孙为假节、监益梁二州诸军事、益州刺史。冬十月壬子,高密王司马俊去世。十一月癸卯,桓温从广陵到白石屯驻。丁未日,谋划废黜当今皇帝,另立新皇帝,并放出传闻说皇帝在封国时早就有阳痿的疾病,他宠爱的人相龙、计好、朱灵宝等参于内室之事,使得他的两位美人田氏、孟氏生三病人个儿子,想受到分封立位,当时人们都很疑惑,桓温于是用伊尹、霍光的事迹委婉地劝说太后。己酉日,在朝堂里聚集百官,宣示崇德太后的令说:“王室艰难,穆帝、哀帝福运短暂,没来得及养育后代,无法立太子。琅邪王司马奕按亲属来说是皇帝的同母弟弟,所以让他入继皇位。没有想到他不建立德行,竟然到了这种地步,昏昧悖乱,违犯礼法。生了这三个孽障,不知道是谁的儿子。人伦之道丧失,丑恶的名声远扬。司马奕既不能谨守社稷,敬承祖宗,又极为昏乱悖孽,却想立太子封藩王。欺骗祖宗,动摇皇室基业,是可忍,孰不可忍!现在废黜司马奕为东海王,以东海王的身份返回宅第,供奉守卫的标准,都和汉朝昌邑王一样。这是我的不幸,遭逢了这么多的忧患,想起生者和死者,心如刀割。社稷大计,大义没有得以伸张。对着纸悲伤欲绝,怎么还能说话。”于是百官进入太极前殿,即日桓温让散骑侍郎刘享收回皇帝的玺绶。皇帝穿着白帢帽和单衣,走下西堂,乘坐牛车驶出神兽门。群臣恭敬地告别,无不觑欷叹息。侍御史、殿中监率领一百名士兵护送到东海府第。
当初,桓温有夺取帝位的野心,打算先在河朔立功,以得到世人的瞩目和声望。到了枋头失败后,威名顿时受损,就秘密地策划废除皇帝立新帝,以此来增加威势权力。但是又害怕皇帝恪守正道,担心这么做会招来议论。因为宫阐深闺之中的事情隐秘,床笫间的事情容易诬灭,就放出话说皇帝是没有性能力的人。于是进行了废黜。最初,皇帝也经常担心桓温,曾经召来术士扈谦下筮,卦象出来以后,扈谦说:“晋皇室像磐石一样稳固,陛下有离开宫廷的微象。”结果竟然和扈谦说的一样。
咸安二年正月,降封皇帝为海西县公。四月,徙居吴县,敕命吴国内史刁彝防卫,又派御史顾允监督。十一月,妖贼卢悚派弟子殿中监许龙大清早到海西县公大门前,称说有太后密诏,奉迎海西县公回去恢复皇位。皇帝开始想听从许龙,听取了集中统一的规谏后作罢。许龙说曰:“大事就要成功了,怎么还听女人的话呢?”皇帝说:“我犯了这样的罪,幸而承蒙宽宥,怎么敢轻举妄动呢!而且太后如果有诏令,就应该派自己的心腹来,为什么偏偏是你呢?你一定是作乱。”就呼喝侍从们绑了他,许龙惊慌逃走。皇帝知道皇位不能再得,很担心遭来横祸,就对世事不闻不门,无忧无虑,终日饮酒作乐,沉溺于内宠之中,不抚育自己的儿子,希望能保住自身。当时的人们哀怜他,给他唱赞歌。朝廷因为皇帝安于屈辱不再担忧他东山再起。太元十一年十月甲申,皇帝在吴国去世,当时四十五岁。