月,平西将军周抚讨伐萧敬文于涪城,杀了他。冉闵的儿子冉智率领邺城人马投降,督护戴施得到了他的传国玉玺,呈送皇上,玺文是“受天之命,皇帝寿昌”,百官都来庆贺。九月,冉智被的将领马愿逮捕,向慕容恪投降。中军将军殷浩率领军队北伐,驻在泗口,派河南太守戴施占据石门,荥阳太守刘遂戍仓垣。冬十月,秦州刺史王擢为苻健所逼迫,逃到凉州。
九年春正月乙卯初一,大赦天下。张重华派王擢与苻健将领苻雄交战,王擢的军队大败。丙寅日,皇太后与皇帝共同拜祭建平陵。三月,天旱。交州刺史阮敷讨伐林邑范佛于日南,攻破敌人五十多个营垒。夏四月,任命安西将军谢尚为尚书仆射。五月,瘟疫大流行。张重华两次派王擢攻击秦州,攻克。仇池公杨初被苻雄打败。秋七月丁酉,地震,发出雷鸣般的声音。八月,派兼太尉、河间王钦修复五陵。冬十月,中军将军殷浩进驻山桑,派平北将军姚襄为前锋,姚襄反叛,反过来攻打殷浩,殷浩丢弃辎重,退保谯城。丁未日,凉州牧张重华去世,他的儿子张耀灵继任。当月,张祚弑耀灵自称凉州牧。十一月,殷浩使部将刘启、王彬之讨伐姚襄,又被姚襄打败,姚襄进据芍陂。十二月,加援尚书仆射谢尚为都督豫、扬、江西诸军事,兼领豫州刺史,镇守历阳。
十年春正月己酉初一,皇帝上朝,由于五陵未修复,乐器悬而不奏。凉州牧张祚僣帝位。冉闵降将周成举兵反,从宛陵袭洛阳。辛酉日,河南太守戴施奔鲔渚。丁卯日,地震,有声如雷。二月己丑,太尉、征西将军桓温率领师伐关中。废扬州刺史殷浩为庶人,任命前会稽内史王述为扬州刺史。夏四月己亥,温及苻健子苌战于蓝田,大败之。五月,江西乞活郭敞等执陈留内史刘仕而叛,京师震骇,任命吏部尚书周闵为中军将军,屯于中堂,豫州刺史谢尚从历阳还卫京师。六月,苻健将苻雄悉众及桓温战于白鹿原,官军大败。秋九月辛酉,桓温粮尽,引还。
十一年春正月甲辰,侍中、汝南王司马统去世。平羌校尉、仇池公杨初为其部将梁式杀害,杨初的儿子杨国继承爵位,于是扬国为镇北将军、秦州刺史。齐公段龛在郎山袭击慕容隽的将领荣国,打败了荣国。夏四月壬申,降霜。乙酉,地震。姚襄率领军队侵犯外黄,冠军将军高季大败他们。五月丁未日,又地震。六月,苻健死,他的儿子苻生继伪位。秋七月,宋混、张瓘杀张祚,而立张耀灵的弟张玄靓为大将军、凉州牧,派使来投降。任命吏部尚书周闵为尚书左仆射,领军将军王彪之为尚书右仆射。冬十月,进升豫州刺史谢尚督并冀幽三州诸军事、镇西将军,镇守马头。十二月,慕容恪率领军队入侵广固。壬戌日,上党人冯鸯自称太守,背叛苻生派人来投降。
十二年春正月丁卯,皇帝上朝,因为皇太后母死,悬挂乐器而不奏乐。镇北将军段龛在广固和慕容恪交战,大败幕容恪,幕容恪退守安平。二月辛丑日,皇帝讲《孝经》。三月,姚襄进入许昌,朝廷任命太尉桓温为征讨大都督讨伐姚襄。秋八月己亥,桓温在伊水和姚襄交战,大败姚襄,姚襄逃到平阳,把残余的三千多家眷徙到江汉之间,抓获周成而回。派扬武将军毛穆之,督护陈午,辅国将军、河南太守戴施镇守洛阳。冬十月癸巳初一,日食。慕容恪攻打段龛于广固,朝廷派北中郎将荀羡率领军队驻在琅邪救援段龛。十一月,派兼司空、散骑常侍车灌,龙骧将军袁真等人持节到洛阳,修复五陵。十二月庚戌,因为要修五陵,到太庙祭告祖先,皇帝和大臣们都穿丝麻丧服,于太极殿临朝三日。这一年,仇池公杨国被他的叔父杨俊杀死,杨俊自立为仇沲公。