三年二月，安帝在寻。庚寅夜，江涌互题，冲走财淹死人。乙卯，建武将军刘裕统率沛国人刘毅、束海人何无忌等起兵。丙辰，在旦斩担宝委任的鳖蛆刺史但恺，在卢堕斩担宝委任的壹业刺史但丛。丁巳，义军渡过垦逗。三月戊午，刘裕在江乘斩桓玄的将吴甫之，在醚斩皇直苏。己未，担玄的众溃逃跑。庚申，刘裕设留台，置百官。壬戌，桓玄的司徒王箠推举塑噬暂为镇军将军、涂业刺史、都督涂蛮邀壹冀幽差八州诸军事、假节。型整任命王赣兼任握蛆刺史、绿尚书事。辛酉，塑隘杀尚书左仆王愉、王愉的儿荆州刺史王绥、司州刺史退谨。辛未，垣室挟持窒童西走。丙戌，秘密下韶说因为被桓玄幽禁迫，国事无法理。命令武陵王司遵依照旧有的典章规定，秉承皇帝旨意总领百官理政事，加授侍中，其余官职如旧。并且大赦除了谋反大逆罪以下的犯人，仅有鱼室同族人不能宽恕。夏四月己丑，大将军、武陵王司遵行使皇帝权力，总理朝政。庚寅，宝童到达辽庐。庚戌，辅国将军何无忌、振武将军刘担在鱼旦和垣宝将厘整、何适之战，大败他们的军队。桓玄挟持安帝束走。五月癸酉，冠军将军刘毅与桓玄在峥嵘洲战，又打败敌军。己卯，帝再一次到江陵。辛巳，荆州别驾王康产、卖登太守王剩之侍奉帝住在直璺。壬午，督护冯迁在貊盘洲斩了桓玄。皇帝从江陵返回京城。甲申，下诏说：“贼凶人篡位谋逆，自古就有。朕不能遏制防止他们，以至于亡在外。依靠镇军将军刘裕发挥英才大略，有绝代的忠诚和勇武，以及冠军将军刘毅等忠臣名将，共同制定良策。义兵的声威传开后，士人庶民来效忠，江山才得以安定，四海黎民一起庆。特此大赦，凡是因威而事奉屈服于叛逆者的，一概不问罪。”戊寅，将祖先牌位归位太庙。闰月己丑，盘旧扬武将军担递攻陷堰，刘堑、包躯；退守到曼堡，窒童再次被劫持到贼营裹。六月，垫刺史王讨伐伪銮业刺史堕画，斩了他。秋季七月戊申，永安皇后何氏去世。八月癸酉，将叠童童皇后合葬在丞垩堕。九月，前给事中旦、秘书丞王艳谋反，被死。冬十月，卢钟侵扰卢丛，刺史呈庐之被卢钟打败，俘虏了堕兴相医腆主而离去。摹查擅死，兄长的儿慕容超继承伪位。

二年二月辛丑，建威将军刘裕在束打败徐覆。乙卯，桓玄自称为大将军。丁巳，冀州刺史孙无终被桓玄杀害。夏四月癸巳初一，有日。秋八月，桓玄又自称为相国、楚王。九月。南太守庾仄起兵，被桓玄打败。冬十一月壬午，桓玄将皇帝迁到永安。癸未，把太庙裹的祖先牌位移到琅邪国。十二月壬辰，桓玄篡夺皇帝位，让昼壹作平固王。辛亥，皇帝被囚禁在寻。

盏塑元年正月，玄童在红尘。一太守叠之兴义兵，袭击攻破屋。己丑，型堑驻墨垩。担握带着童驻屯在丝达。辛卯，主在韭选打败但钟的将温揩，兵驻在直，被担铲打败。振武将军型攻打担遂，打跑了他。童回来，与堕巫王回到的船上。戊戌，下诏说：“朕因为缺乏仁德，过早继承洪大的基业。不能够使远近四方安定和平，制服好人叛逆。逆臣蛙乘机肆行作，竟然欺瞒上天和百姓，篡夺皇帝的位置。朕遭亡，沦落到荒远的地方，宣皇的基业，衰颓败落。幸有镇军将军刘裕忠诚勇武英明果断，忠诚冠绝古今。运筹谋划定计时，贞贤良的人协同他一起费心；愤挥泪率众誓师时，忠义的战士被他的忠心动。所以挥戈一击，猾奔走逃散，将帅威风势不可挡，大恶之人授首伏罪。可是余孽桓振仍然猖狂，继续逞凶于型竖。庆幸的是上天保佑社稷，义军接连报捷，凶暴的恶党沮丧溃败，朕得以返回。逭实在是祖宗神灵的庇护，勤王者的功勋。朕岂能独自一人享受那份福气，想和亿兆百姓，共庆遣国运的新生。特此大赦，改年号，衹有桓玄桓振的族人和同党不在赦免之列。赐百官官秩二级，赐鳏寡孤独每人五斛谷，大会饮宴五天。”二月丁巳，留台备好车，去江陵迎回皇帝。弘农太守宁之、建威主簿徐惠等人围谋反叛，被死。平西参军谯纵害死平西将军、益州刺史璩，领蜀地反叛。三月，桓振再次袭击江陵，荆州刺史司休之逃奔到襄。建威将军刘怀肃讨伐桓振，斩了他。帝自江陵到达京城。乙未，百官到门请罪。下韶说：“这不是各位的过错，还是回去各司其职吧。”戊戌，为章皇后举哀三日，在西堂临吊。刘裕和何无忌等人上表请求准许让位，没有准许

兴统率军队侵犯魏，大败而回。逭一年，有饥荒，禁止造酒。

五兴元年正月庚午初一，大赦，改年号。任命后将军元显为骠骑大将军、征讨大都督，任命镇北将军刘牢之为元显前锋，前将军、谯王尚之为后，去讨伐桓玄。二月丙午，皇帝着戎装在西池给元显饯行。丁巳，派遣兼侍中、齐王柔之用鶸虞幡通告荆、江二州。丁卯，桓玄在姑孰打败王师，谯王尚之、齐王柔之一起死难。任命右将军吴隐之为都督广二州诸军事、广州刺史。三月己巳，刘牢之背叛而向桓玄投降。辛未，王师在新亭大败，骠骑大将军、会稽王世元显，束海王彦璋，冠军将军泰，游击将军邃一起遇害。壬申，桓玄自任侍中、丞相、录尚书事，任命桓谦为尚书仆，将太傅、会稽王迁居到安城。桓玄不久又自称为太尉、扬州牧，总理政事，以琅邪王德文为太宰。堕擅太守圭量攻打逐墨，杀了他。当月，秃毖鹿孤死，弟弟僻檀继承伪位。秋七月乙亥，新蔡王司崇被他的仆害死。八月庚，尚书的私宅发生火灾。冬十月，冀州刺史刘轨背叛逃奔基查擅。十二月庚申，会稽王王被但玄杀害。特赦广陵、彭城犯大逆罪以下的罪人。