年处分已满，依法原可以自动复刊的，但是二月二十三日，国民党中四组以“五六宣五ＯＯ三七”号密件致萧同兹，说是“据有关方面会商结果，认为在目前情况下，《文星》杂志不宜复刊”于是，就在党的命令超过行政命令下，《文星》杂志永不复起。这就好像先用行政命令把你打昏，然后再用党的命令把你杀死。蒋介石纵使一时看老同志的老面子，放过《文星》，但蒋经国率领的一批政战系、情治系、党政系的人们，绝不放过《文星》。因此，萧同兹虽“心力交瘁”的挽救，《文星》改组仍不会成功。拖到一九六八年，官方终于忍不住了，首先，官方开始在税务问题上面找《文星》的麻烦，希望能够查出逃税漏税的证据，用做借口。不料，《文星》早防到这一着，税务机关追查之下，竟发现《文星》连卖一张报纸，都会自动开发票？选在这种简直无懈可击的情况下，官方除非走栽赃嫁祸的路，也就别无他法。于是，官方决定硬来了。

一九六八年一月二十五日的下午，警总纠合各路人马，突击搜查《文星》资料室。三天以后（一月二十八日），萧同兹座车开始被跟踪；第四天（一月二十九日）起，《文星》书店门口有“计程车”两部及便衣多人驻守不去。情势发展至此，可见蒋经国他们的确不经过张群“直接上报而要径自执行”了。萧同兹感到“与人刃我，宁我自刃”就在二月五日写信给张群“惶悚待命”了。萧同兹不愧是老于世故的，明明是你蒋介石两面做人、逼我关门，可是我绝口不提一个字，反倒字里行间，哀哀请求你恩准我自我结束。张群收到信后，只好转呈蒋介石，蒋介石批了一个“阅”字，意思是说知道了，你就去停业吧。于是，苟延残喘了两年的《文星》终于还是难逃一死了。

虽然蒋介石那边决定了《文星》停业，但在蒋经国这边，却照旧一不做二不休开始抓人，以期把案子落实。在《文星》宣告结束的广告与海报出现后，《文星》读者为了抢购、为了抗议，也为了惜别，天天挤满了书店，买个不停，场面之大与声势之壮，也足欣慰，令他人胆寒。到了三月三十一日晚，是《文星》最后一天，正赶上星期日，整日书店挤得水泄不通，其中甚至有国民党大员如陈建中等，也混进来买书而去。十点后萧孟能亲去书店，在慰问中陪读者度过了最后的两小时，到子夜十二点，正式结束。这时书店门口便衣与“计程车”很多，一个特殊身份的“客人”一直陪到最后，临出店门，还在橱窗前看了好一会儿才走。

星沉之后，《文星》风潮的动力李敖，被封笔、被跟踪、被监视，最后因彭明敏案被诬指为“台独五大中央委员之一”而入冤狱五年半。李敖入狱之前，作家柏杨因刊登大力水手漫画，被指为讥刺蒋氏父子而入黑牢。柏杨原是蒋经国文学侍从之臣，根本无意逆蒋氏父子之鳞，而李敖则是存心对着干的。可见在蒋氏父子眼里，无意也好，有心也罢，只要冒犯了圣颜，就得由特务来收拾，打入黑狱，滥施刑罚来以儆效尤。

由此可见，《文星》虽由老国民党员萧同兹来接管，仍然不行，亦就不足为异了，因为赶尽就要杀绝。有人以为雷震若仅书生论政，不去组党，不会出事，亦只知其一而不知其二。胡虚一已举证说明，组党之前，蒋介石就想以高价收买《自由中国》，然被雷震所拒，已触蒋氏之怒（胡虚一《雷震与蒋介石交恶述源》，载《清算蒋介石》，页二七七至二八四），所以不组党还是会被封。《自由中国》反对蒋违宪连任，就会被消灭。组党不过是冒犯之一，任何冒犯都会导致同样的命运。