将军新野王司马歆一起遇害。六月,派遣荆州刺史刘弘等讨伐张昌,攻方城,晋军大败。秋七月,中书令卞粹,侍中冯荪、河南尹李含等对司马磖产生二心,司马磖也猜疑他们而把他们杀害。张昌攻陷江南诸郡,武陵太守贾隆、零陵太守孔纮、豫章太守阎济、武昌太守刘根都被杀害。张昌部将石冰侵犯扬州,刺史陈徽迎战,大败,扬州诸郡都被石冰占领。临淮人封云举兵响应张昌,从阜陵出发,进犯徐州。八月,河间王司马颙,成都王司马颖举兵讨伐长沙王司马磖,惠帝以司马磖为大都督,率兵抵抗。十九日刘弘与张昌在清水交战,张昌被杀。司马颙派遣部将张方,司马颖派遣部将陆机、牵秀、石超等进逼京师。二十四日,惠帝亲临十三里桥,派遣将军皇甫商在宜阳抗拒张方。
二十八日,惠帝回到宣武场。二十九日,在石楼住宿。天的正中出现一道裂缝,天空无云而有雷声。九月初六惠帝转移到河桥。十一日,皇甫商被张方打败。十三日,惠帝驻军于芒山。十六日,到达偃师。二十日,宿于豆田。二十二日,尚书右仆射兴晋侯羊玄之死,惠帝转回城东。二十五日,进军缑氏,攻击牵秀并把他赶出。大赦罪犯。张方进入京师,烧清明、开阳二门,被烧杀而死的以万计。石超在缑氏威逼惠帝。
冬十月初二,惠帝回到宫中。石超焚烧缑氏,衣物车马等全部烧毁。初七,在东阳门外大破牵秀及范阳王司马九虎。初八,在建春门打败陆机,石超败逃。斩其大将贾崇等十六人,人头悬于铜驼街示众。张方退驻十三里桥。十一月十一日,有星白日坠落,响声如雷。王师进攻张方的营垒,未获胜。张方挖开名叫千金土曷的水堰,舂米磨面的水碓都无水。于是征发王公及奴婢以手舂米供应军粮,一品以下的官员未从军出征者以及十三岁以上的男子,都服此劳役,又征发奴隶补充军队,号称四部司马。公家和私人都十分穷困,米一石一万钱。皇帝下的诏命,只能在京城有效。十二月初三夜里,一股赤色气体上冲天际,发出声音隐约可闻。十七日,地震。二十四日,东海王司马越逮捕长沙王司马磖,囚禁在金墉城,不久被张方杀害。二十五日,实行大赦,二十七日,扬州秀才周王己、前南平内史王矩,前吴兴内史顾礻必组建义军以讨伐石冰,石冰退走,自临淮奔寿阳。征东将军刘准派遣广陵度支陈敏进击石冰。李雄从郫城攻益州刺史罗尚,罗尚弃城而逃,李雄全部占据成都一带。朝廷封鲜卑人段勿尘为辽西公。
永兴元年(304)正月初八,尚书令乐广死。成都王司马颖从邺上奏建议实行大赦,改年号为永安。惠帝受河间王司马颙胁迫,秘密下诏令雍州刺史刘沈、秦州刺史皇甫重讨伐司马颙。刘沈发兵攻长安,被司马颙打败。张方在洛阳大肆抢掠,然后还长安。当时军民无粮,人相杀而食。朝廷以成都王司马颖为丞相。司马颖派遣从事中郎成夔等率兵五万屯守十二个城门,平时被司马颖所忌恨的朝臣,都被司马颖杀害,以三部兵代替宫中宿卫。二月十七日,废皇后羊氏,幽禁于金墉城,黜退皇太子司马覃为清河王。三月,陈敏攻石冰,石冰被杀,扬、徐二州平定。河间王司马颙上表请立成都王司马颖为皇太弟。十一日,惠帝下诏说:“朕以无德之人,继承皇位,至今已十五年。祸乱滔天,奸人逆贼接连而起,以致使朕幽禁深宫,宗庙祭祀断绝。成都王颖,温厚仁慈,惠和百姓,平定暴乱。现以司马颖为皇太弟、都督中外诸军事,丞相职位如故。”实行大赦,赐鳏寡高寿者帛三匹。民间宴会五日。十九日,盗贼偷去太庙中的服饰器物。以太尉司马颙为太宰,太傅刘实为太尉。六月,新建三座城门。秋七月初一,右卫将军陈纁,以诏书召百官入殿中,并布署兵力讨伐成都王司马颖。初三,实行大赦,被废的皇后羊氏和太子司马覃复位。初四,司徒王戎、东海王司马越、高密王司马简、平昌公司马模、吴王司马晏、豫章王司马炽、襄阳王司马范、右仆射荀藩等拥着惠帝北伐,至安阳,有军队十余万。司马颖派遣其将领石超抗拒,二十四日,朝廷六军在荡阴战败,箭射到惠帝的乘车上,百官被冲散,侍中嵇绍死于乱军之中。惠帝面颊受伤,中了三箭,丢了六块印玺。惠帝来到石超军中,饥渴已甚,石超送上些水,左右侍从献上些秋桃供惠帝享用。石超派遣其弟石熙送惠帝到邺城,司马颖率群官列队道左迎接。惠帝下车涕泣哀伤,当晚宿于司马颖军中。司马颖府中有九锡仪仗之类,陈留王又送上貂蝉文衣曷鸟尾,第二天准备了专供皇帝乘坐的法驾进入邺城。这时只有豫章王司马炽、司徒王戎、仆射荀藩跟从惠帝。二十五日,实行大赦,改年号为建武。八月初三,司马颖杀死东安王司马繇。张方又一次进入洛阳,废掉皇后羊氏及皇太子司马覃。匈奴左贤王刘元海在离石反叛,自称大单于。安北将军王浚派遣乌丸骑兵攻打成都王司马颖,司马颖大败于邺城,与惠帝坐单车逃奔洛阳,侍从人员分散而去,行动仓促,上下都未携带钱财给养,侍中黄门在被囊中藏了私钱三千,惠帝下诏借下这三千钱,沿途买饭供应皇室,宫人只能到途中客舍食宿。有个宫人弄来一升多粳米饭和干蒜盐豉献给惠帝,惠帝大口吞食,晚上盖中黄门的布被。到获嘉县,买到些粗米饭,装在瓦盆里,惠帝吃了两碗。有一老人送上蒸鸡,惠帝接受下来。到了温县,要拜谒祖坟,惠帝丢了鞋子,穿了侍从的鞋子,流着泪下拜,旁边的人也为之哀叹。过了黄河,张方率三千骑兵,用阳燧青盖车迎接惠帝,张方下拜,惠帝亲自把他扶起。
十六日,实行大赦,赏赐随从人员各有差等。冬十一月初一,张方请惠帝拜谒宗庙,并要趁机将惠帝劫持到长安。张方坐着车子进入殿中,惠帝跑到后园竹林中躲避。张方逼着惠帝上车,左右中黄门及鼓吹手十二人徒步跟从,只有中书监卢志在惠帝身旁侍从。张方带着惠帝到自己军垒,惠帝让张方准备车辆装载宫人和宫中宝物,军人们趁机奸辱宫女,抢掠宫中财宝,争夺府中藏物。魏晋以来所积藏的财宝文物,被抢掠一空。走到新安,天气冷得厉害,惠帝从马上掉下来,跌伤了脚,尚书高光献上用于旅途御寒的面衣,惠帝大加赞赏。河间王司马颙率领官属及步骑三万,在霸上迎接惠帝。司马。。在惠帝面前下拜,惠帝下车扶起了他。以征西将军府为宫。只有仆射荀藩、司隶刘暾、太常郑球、河南尹周馥和他们的属官留在洛阳,组成留台,代替皇帝履行国家职权,号称东西台。十二日,留台实行大赦,恢复永安年号。初七日,羊氏恢复皇后地位。李雄僭号称成都王,刘元海僭号称汉王。