观讨伐叛乱的氐人,在中亭交战,大破氐人,俘获齐万年。召征西大将军、梁王司马肜录尚书事。以北中郎将、河间王司马颙为镇西将军,镇守关中;成都王司马颖为镇北大将军,镇守邺城。夏四月,邺人张承基等妖言惑众,设署置官,聚集党徒数千人。郡县加以逮捕,都被处死。六月初三,太尉陇西王司马泰死。秋八月,以尚书裴危页为尚书仆射。冬十一月初一,日蚀。京师刮大风,掀翻屋顶,折断树木。十二月三十日,皇太子司马睶被废为平民,连同他的三个儿子,一起被幽禁在金墉城,杀了太子的母亲谢氏。
永康元年(300)正月初一,大赦罪人,改年号。十七日,日蚀。十四日,皇孙司马磗死。二月初六,刮大风,扬起沙砾,拔起树木。三月,尉氏县从天上落血,妖星出现于南方。二十二日,贾后假借皇帝诏令在许昌害死被废太子司马睶。夏四月初一,日蚀。初三,梁王司马肜、赵王司马伦假借皇帝诏命废贾后为平民,司空张华、尚书仆射裴危页同时遇害,侍中贾谧及其党羽数十人都被处死。初四,司马伦假借皇帝诏命实行大赦,自封为相国、都督中外诸军事,地位如魏时的司马懿,恢复故皇太子的位号。初七,以梁王司马肜为太宰,左光禄大夫何劭为司徒,右光禄大夫刘萛为司空,淮南王司马允为骠骑将军。初九,赵王司马伦假借皇帝诏命在金墉城杀死被废的贾后。五月初九,立皇孙司马臧为皇太孙,司马尚为襄阳王。六月十三日,将愍怀太子安葬于显平陵。抚军将军、清河王司马遐死。十四日,雷击崇阳陵陵顶。秋八月,淮南王司马允举兵讨伐司马伦,没有取胜,司马允及其二子秦王司马郁、汉王司马迪都遇害。特赦洛阳囚犯。平东将军、彭城王司马植死。改封吴王司马晏为宾徒县王。以齐王司马。。为平东将军,镇守许昌;光禄大夫陈准为太尉、录尚书事。
九月,改司徒为丞相,使梁王司马肜任此职。冬十月,黄雾四处弥漫。十一月初一,大风扬起沙石,刮了六天才止息。初七,立皇后羊氏,大赦天下罪人,特许民间宴会三日以示庆贺。十二月,彗星出现于东方。益州刺史赵貵与略阳流人李庠杀害成都内史耿胜、犍为太守李密、汶山太守霍固、西夷校尉陈总,占据成都反叛。
永宁元年(301)正月初九,赵王司马伦篡帝位。初十,将惠帝迁到金墉城,号称太上皇,改金墉叫永昌宫。废皇太孙司马臧为濮阳王。五颗星在天上流动,纵横无常。十七日,司马伦杀害濮阳王司马臧。略阳流人李特杀赵貵,首级传到京师。三月,平东将军、齐王司马礒起兵讨伐司马伦,檄文传到各州郡,屯军于阳翟。征北大将军、成都王司马颖,征西大将军、河间王司马颙,常山王司马磖,豫州刺史李毅,兖州刺史王彦,南中郎将、新野公司马歆,都举兵响应齐王司马礒,各路军共数十万。司马伦派遣其将领闾和出兵伊阙,张泓孙辅出兵。。坂以抗击司马礒,孙会、士猗、许超出兵黄桥以抗拒司马颖,与司马颖将领赵骧、石超在溴水交战,孙会等大败,弃军而逃。闰三月初一,日蚀。夏四月,岁星在白天出现。司马礒的部将何勖、卢播在阳翟大破张泓军,斩孙辅等。初七,左卫将军王舆与尚书淮陵王司马氵崔率兵入宫,捉住了司马伦的党羽孙秀、孙会、许超、士猗、骆休等,都被斩首。把司马伦赶回自己的府第。当天惠帝反正即帝位。群臣叩头谢罪,惠帝说:“这不是诸卿的过错。”初九,惠帝下诏说:“朕作为一个无德之人,继承皇位,远不能兴隆大业,安抚四方,近不能严明刑威,禁止奸人,至使逆臣孙秀放肆作恶,伺机离间王室,遂奉赵王司马伦窃据帝位。镇东大将军、齐王礒,征北大将军、成都王颖,征西大将军、河间王司马颙,皆有明德,又是王室宗亲,忠于国家,行为允当,首倡讨逆大计,匡救国难。尚书氵崔共同参与谋划,左卫将军王舆与群公卿士,协同谋划,亲自指挥本营士卒,斩了孙秀及其二子。前赵王司马伦为孙秀所误,与其子等已到金墉幽宫迎朕复位,岂止是我一个人值得庆幸,宗庙社稷也赖此以存。”于是实行大赦,改年号,孤寡无靠者每人赐谷五斛,让民间宴会五日。杀了赵王司马伦、义阳王司马威、九门侯质等,以及司马伦的党羽。
五月,立襄阳王司马尚为皇太孙。六月十五日,大赦罪人,官吏增位二级,宾徒王司马晏复封为吴王。十七日,东莱王司马蕤、左卫将军王舆谋划废黜齐王司马礒,阴谋泄露,司马蕤废为平民,王舆处死,夷灭三族。二十一日,以齐王司马礒为大司马、都督中外诸军事,成都王司马颖为大将军、录尚书事,河间王司马颙为太尉。撤销丞相,恢复司徒官。二十六日,以梁王司马肜为太宰,兼领司徒职。封齐王司马礒的功臣葛旗为牟平公,路季为小黄公,卫毅为平阴公,刘真为安乡公,韩泰为封丘公。秋七月十一日,立吴王司马晏的儿子为汉王,常山王司马磖恢复为长沙王。八月,实行大赦。十六日,宽免徙边之民。益州刺史罗尚讨伐并击破羌人。十七日,徙南平王司马祥为宜都王。下邳王司马韦华死。以东平王司马懋为平东将军,都督徐州诸军事。
九月,追复东安王司马繇的爵位。丁丑,封楚王司马玮的儿子司马范为襄阳王。冬十月,流人李特据蜀叛乱。十二月,司空何劭死。封齐王司马礒的儿子司马冰为乐安王,司马英为济阳王,司马超为淮南王。这一年,十二个郡国发生旱灾,六个郡国发生蝗灾。