,无整天的打算,财谷虽多,变故万端,哪能坚守下去呢?上郡、北地、安定三郡,地广人稀,谷米牲畜多,我们暂时整军北道,就粮养士,以观察赤眉军的弱点,才可以设法进攻他们哩!”于是引军北至縌邑县。邓禹所到之处,击破赤眉军别将诸营保,郡县都开门归附。西河太守宗育遣儿子手奉邓禹晓谕各地的文书归降,邓禹派遣他到国都去。帝以关中未定,而邓禹又久不进兵,就下达命令说“:司徒,是尧;亡贼,是桀。长安的官吏民众,惶惶无所依归。应掌握时机进讨,安定抚慰西京,以维系百姓的心。”邓禹还是坚持前面的意见,就分遣将军另行攻打上郡诸县,更征集兵力引进粮食,回到大要县。派遣冯忄音、宗歆守縌邑。二人争权互相攻打,冯忄音杀了宗歆,并反击邓禹,邓禹派使者报告光武帝。帝问使者“:忄音最亲爱的是谁?”使者说“:是护军黄防。”帝猜度冯忄音和黄防不能久和,势必发生对抗。因此告诉邓禹说:“逮捕冯忄音的,必是黄防。”于是派遣尚书宗广拿着符节招降黄防。
后月余,黄防果然逮捕冯忄音,率领其部众归罪。更始诸将王匡、胡殷等都到宗广处投降,与宗广一起东归。到了安邑,王匡等想中途逃跑,宗广把他们都杀了。冯忄音到洛阳,赦免不杀。
建武二年(26)春,遣使者改封邓禹为梁侯,食邑四县。这时赤眉军西走扶风,邓禹才往南至长安,驻军昆明池,用酒食大宴士卒。率领诸将军沐浴更衣斋戒,选择吉日,演习礼仪祭祀高祖庙,收了十一帝的神主,派使者捧到洛阳,因而巡视园陵,特安置官吏士卒奉祀守陵。邓禹率兵与延岑战于蓝田,不胜,再就食云阳。汉中王刘嘉到邓禹处投降。刘嘉相李宝傲慢无礼,邓禹把他杀了。
李宝的弟弟收集李宝部众击邓禹,杀了将军耿讠斤。自从冯忄音反邓禹以后,邓禹的威望受到损害。这时赤眉军再次还入长安,邓禹与之战,败走,到了高陵,军士饥饿,都吃枣菜度日。帝于是召邓禹回来,诏令说:“赤眉缺粮,自然会向东而来,我只要折断策马的杖去鞭打他就可把他打败。不是诸将值得忧虑的,不要再妄动进兵。”邓禹以受任而功不成为惭愧,几次驱饥饿之兵去征战,常不利。
三年(27)春,与车骑将军邓弘击赤眉,被赤眉打败,部众死的死散的散,独与二十四骑还归宜阳,归还大司徒、梁侯印绶以谢罪。诏命还侯印绶。数月,拜右将军。延岑自败于东阳,就与秦丰合作。
四年(28)春,再侵犯顺阳一带。派邓禹保护复汉将军邓晔、辅汉将军于匡,击破延岑于邓;追到武当,再次破延岑。岑逃奔汉中,余党都投降了。
建武十三年(37),天下平定,各功臣都增加了户邑,定封邓禹为高密侯,食高密、昌安、夷安、淳于四县的赋税。帝以邓禹功高,封邓禹弟邓宽为明亲侯。后来左右将军的职衔撤销了,按特进朝见皇帝。邓禹内尚文明,行为忠厚淳朴而且周密,服事母亲非常孝顺。天下已经平定,常常想疏远名势。有子女十三人,让他们各掌握一门技艺。整饬家规,教养子孙,都可以成为后世的楷模。一切用度都取之于封地赋税,不修私产不谋私利。因此帝更加尊重他。
中元元年(56),再代理司徒职务。从帝巡视山东,到泰山筑坛祭天。显宗即位,因邓禹是先帝元勋,拜为太傅,朝见时令他东向站立尊如宾客,甚见尊宠。居岁余,卧病,帝几次亲临问候。
永平元年(58),邓禹年五十七岁逝世。谥曰元侯。