北上而河内势孤,就使讨难将军苏茂、副将贾强率兵三万多人,渡过巩河向温进攻。檄书到,寇恂即率军奔出,并转告各属县,发兵会师于温下。军吏们都劝谏说:“现在洛阳兵渡河,前后不绝,应等到各处兵马集齐后,才可以出击。”寇恂说:“温,是郡的藩篱屏蔽,如温失守,则郡就不可守住。”于是驰赴到温。天明时合战,而偏将军冯异派遣救兵以及各属县兵恰好都到了,兵马四集,幡旗蔽野。寇恂于是命令士卒乘城击鼓呼叫,大呼:“刘公兵到!”苏茂军听到,阵角松动,寇恂率军冲击,大破苏茂军,追到洛阳,斩了贾强。
苏茂兵士自己投黄河而死的达数千,活捉万余人。寇恂与冯异过黄河而回。自此洛阳震动恐惧,白天都紧闭城门。这时光武传闻朱鲔破了河内,没多久寇恂的檄书到了,光武大喜说“:我知道寇子翼是可以胜任的哩!”诸将军庆贺,因而为光武呈上尊号,光武于是即帝位。当时军粮急缺,寇恂以人力车马车转运军粮,前后不绝,尚书仅以升斗之粮以禀百官。
光武帝几次以简策书牍慰劳寇恂,同门生茂陵人董崇对寇恂说:“皇上新即位,四方尚未平定,而君侯在这个时候占据着大郡,内得人心,外破苏茂,威震邻敌,功名显赫,这是奸谗之徒侧目窥视产生怨祸的时候哩!以前萧何守关中,明悟采纳了鲍生的建议而高祖大喜。现在你率领的,都是刘氏宗族昆弟,只怕是要以前人为鉴戒哩!”寇恂以为然,假称有病不视事。
帝将攻洛阳,先到河内,寇恂请求从军。帝说“:河内不可离开你哩!”几次坚决要求,帝不听,于是派遣兄的儿子寇张、姐姐的儿子谷崇率领突击队愿为军先锋。帝称赞,都以为偏将军。
建武二年(26),寇恂由于牵涉到考查上书的案子而被免职。这时颍川人严终、赵敦聚合部众万余人,与密人贾期连兵为盗寇。寇恂免官数月,又被拜为颍川太守,与破奸将军侯进共同攻击。数月,斩贾期首,颍川郡全部平定。封寇恂雍奴侯,食邑万户。执金吾贾复在汝南,他的部将在颍川杀了人,寇恂将他逮捕入狱。当时法制草创,军营犯了法,多半是宽恕容忍,而寇恂却将他斩首于市。贾复以此为羞耻叹息。他回来路过颍川,对左右说:“我与寇恂并列将帅,现在被他所陷害,大丈夫岂有蒙受侵怨而不决斗的?今见寇恂,我必亲手杀了他!”寇恂知道他的计谋,不想与他相见。谷崇说:“我是将军,可带剑在侧侍候,突然有变,可以抵挡得住。”寇恂说“:不然。以前蔺相如不害怕秦王而屈让廉颇,是为了国家哩!区区赵国,尚且有这种义举,我难道可以忘记吗?”于是命令各属县大张供具,储足酒醪,执金吾军队入界,每人都可以得到两个人的酒食。寇恂于是出迎于道,然后假称有病而回。贾复想率兵追赶,而官吏兵卒们都喝醉了,于是过去。寇恂派谷崇向帝说明情况,帝于是召见寇恂。寇恂到洛阳被引见帝,当时贾复先在座,准备起身回避。帝说:“天下还没有平定,两虎怎能够私斗呢?今天我为你们和解。”于是共坐在一起,极为欢快,就共乘车出城,结成好友而别。寇恂回到颍川。
建武三年(27),帝遣使者就拜寇恂为汝南太守,又使骠骑将军杜茂率兵助寇恂讨伐盗贼。盗贼被肃清,郡中安静无事。寇恂向来好学,于是修建乡校,教学生徒弟,聘请能讲授《左氏春秋》的人,他自己也亲听老师讲学。
建武七年(31),代朱浮为执金吾。第二年,跟随光武击隗嚣,而颍川盗贼群起,帝于是引军退还,对寇恂说“:颍川迫近京师,当早日平定。想起来只有你能平定群贼哩,从九卿的高位上复出,以忧虑国家着想好了。”寇恂回答说“:颍川剽悍轻捷,听说陛下远征险阻,去对付陇、蜀,所以狂悖狡猾之徒乘机作乱罢了。如果听说陛下南向,盗贼们必定惶惧归降。我愿率精锐以为前驱。”即日车驾南征,寇恂跟从到颍川,盗贼全部归降,而竟没有拜他为郡守。百姓群集夹道而说道“:希望从陛下那儿再借寇君一年。”于是把寇恂留在长社,以镇抚官吏人民,接受其余的归降者。起初,隗嚣部将安定人高峻,拥兵万人,占据高平县第一城,帝派遣待诏马援去招降高峻,由此打开了河西通道。中郎将来歙承帝命拜高峻为通路将军,封关内侯,后来归属大司马吴汉,共围隗嚣于冀。等到汉军退,高峻逃回故营,再助隗嚣拒守陇阝氐。隗嚣死后,高峻占据高平县,畏诛坚守。建威大将军耿。。率太中大夫窦士、武威太守梁统等围高平,一年也未能攻下。
建武十年(34),帝入关,准备亲自征讨,寇恂当时跟从光武,劝谏说“:长安处在洛阳高平之间,应接方便,安定、陇西必定感到震动畏惧,这是安逸于一处可以制服四方哩。现在兵马疲倦,刚刚从险阻中走出来,这不是陛下安国之良策,前年颍川发生的历史事件,可为至戒。”帝不听从。进军到了。。县,高峻还是攻不下,帝商议派遣使者去说服高峻投降,就对寇恂说:“你以前制止我这次行动,现在为我走一趟。如高峻不立即投降,我将率耿。。等五营发起攻击。”寇恂奉玺书来到第一城,高峻派遣军师皇甫文出来谒见,言词礼节都不屈从。寇恂怒,准备杀皇甫文。诸将劝谏说“:高峻精兵万人,有着许多强弩,遮住了西部的陇道,连年都没有攻下。现在要他投降而反杀其来使,只怕是不行吧?”寇恂不答应,就杀了皇甫文。让其副使回去告诉高峻说:“军师无礼,已被杀了。要投降,请赶快;不想投降,就固守好了。”高峻惶恐,即日开城门投降。诸将都庆贺,因而说:“请问杀了他的来使而高峻以全城投降,这是什么原因?”寇恂说“:皇甫文,是高峻的心腹,高峻的计谋都取之于他。现在他来了,言词不屈,必无归降之心。放他回去则高峻得了他的计谋,把他杀了则高峻吓破了胆,所以来投降了。”诸将都说“:我们没有想到哩。”于是逮捕高峻回到洛阳。寇恂通晓经术修养德行,名望重于朝廷,所得的俸禄,都拿来厚施给朋友、故旧及跟从他的吏士。常说“:我依靠士大夫的帮助才有今天,怎么能够独享富贵呢?”当时的人把他视为长者,以为他有宰相的器才。